1、灰分沉积率高，结渣问题严重

秸杆类生物质中Si含量较高，秸杆灰的变型温度一般为750~1000℃，秸杆类颗粒燃料的灰分沉积速率通常都大于木质顆粒。因而，设计生物质颗粒燃烧机时要考量除灰问題，除此之外，积灰中一般存有大批量碱性成份和氯化物，会造成积垢、结渣等危害，结渣不但危害燃烧设备的热性能，以至于会危及燃烧设备的安全。

2、氯腐蚀

秸杆类生物质燃料中碱金属、氯的含量较为高，在焚烧流程中Cl基本上充分蒸发，产生HCl，Cl2和碱金属氯化物。随着烟尘溫度的减少，碱和碱金属氯化物冷凝在灰渣顆粒或热交换器表层上，与烟气反应产生硫酸盐，并散发出氯化物。氯化物具备很强的氧化能力，加速高温腐蚀速率和金属损耗速率，降低传热效率，以至于会使部分传热表层失去导热性能。因而，秸杆类颗粒燃料比木质颗粒燃料更易毁坏设备，对设备的材质规定更严格。

3、自动化程度低

现阶段国内的燃烧设备通常都选用人工或半自动入料系統，全套设备的自动化水平不高，影响颗粒燃料的规模性推广和运用。很多小型机器选用自然通风，因而常存有不完全燃烧引起的污染源排放量过高等问題。